O Hospital das Clínicas de Bauru é uma unidade estadual pública da Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo (SES-SP), sob gestão da Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (FAEPA).

Atende à população dos 68 municípios que compõem o Departamento Regional de Saúde de Bauru (DRS-6), além de pacientes de todo o Brasil com anomalias craniofaciais congênitas e síndromes associadas, fissuras labiopalatinas e deficiência auditiva.

Serve também de campo para o ensino e pesquisa dos estudantes de graduação e pós-graduação da Universidade de São Paulo (USP), campus de Bauru.