As atividades do Hospital das Clínicas Bauru tiveram início em 1/8/2022, com 30 leitos e 100 profissionais, sob a gestão da Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (FAEPA).

O histórico do HC Bauru, entretanto, remonta ao ano de 1989, quando foi lançada a pedra fundamental da obra do prédio onde atualmente funciona a Unidade Clínicas. O projeto arquitetônico é de autoria de Jurandyr Bueno Filho (falecido em 2009), arquiteto bauruense que também foi responsável pelo cartão-postal da cidade, o anfiteatro do Parque Vitória Régia, localizado em frente ao Hospital.

Originalmente, o prédio foi concebido para ampliar a capacidade de atendimento aos pacientes com fissura labiopalatina, anomalias craniofaciais e deficiência auditiva do Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais (HRAC) da Universidade de São Paulo (USP), conhecido popularmente como Centrinho, além de estender a assistência para outras deficiências e malformações. Sob a liderança do Prof. Dr. José Alberto de Souza Freitas (Tio Gastão) – um dos fundadores e superintendente do Centrinho por 45 anos (1967-2012) e Professor Emérito da Faculdade de Odontologia de Bauru (FOB-USP) -, o HRAC-USP era, então, um dos únicos centros especializados do Brasil nessa área. O número de serviços habilitados no país pelo Ministério da Saúde já chegou a 30, muitos deles com profissionais egressos dos cursos de mestrado, doutorado, residências e especializações do Centrinho.

Entregue em 2012, a nova unidade passou a ser ocupada parcialmente em novembro do mesmo ano, pelo serviço de Implante Coclear do Centrinho, que funcionava em área da FOB-USP. Gradativamente, outros serviços – inclusive aqueles que operavam fora do campus USP Bauru – foram transferidos para o novo prédio, que, com mais de 21 mil metros quadrados de área construída e 11 andares, ainda estava longe de atingir sua capacidade plena de funcionamento.

Com o intuito de atender a demandas históricas da população bauruense, como uma Faculdade de Medicina e a utilização plena do “Predião” do Centrinho – como era conhecida a unidade -, houve grande mobilização de forças políticas, universitárias e da sociedade civil.

Em 26/8/2014, o Conselho Universitário da USP aprovou a vinculação do HRAC-USP à Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo (SES-SP), gestora estadual do Sistema Único de Saúde (SUS).

Em seguida, com a criação do Curso de Medicina da USP Bauru em 4/7/2017, ganhou impulso a proposta de implantação de um complexo para servir de hospital-escola e ampliar o campo de formação de médicos e outros profissionais da saúde, além de fortalecer a rede de saúde locorregional.

Assim, um importante marco para Bauru e região foi escrito, com o Decreto Estadual Nº 63.589, de 6/7/2018, que criou formalmente o Hospital das Clínicas de Bauru.

Com o avanço da pandemia de Covid-19, em 1/7/2020, parte da atual Unidade Clínicas passou a funcionar emergencialmente como Hospital de Campanha para o atendimento de pacientes com a doença, sob a responsabilidade da SES-SP.

Em 29/12/2021, a USP e o Governo de São Paulo firmaram Acordo de Cooperação Técnica para a implantação e funcionamento do HC Bauru, e oficializaram a cessão das Unidades 1 e 2 do HRAC-USP ao Estado, permitindo à SES-SP fazer as adequações estruturais necessárias para o espaço compor o complexo do Hospital das Clínicas de Bauru.

Na sequência, em 28/5/2022, Despacho da SES-SP de 27/5/2022 declarou a FAEPA  como a Organização Social de Saúde (OSS) vencedora do processo de Convocação Pública para a gestão do HC Bauru.

Após a celebração, em 29/7/2022, do Contrato de Gestão entre a SES-SP e a FAEPA, tem início efetivamente, em 1/8/2022, as atividades do Hospital das Clínicas de Bauru, gerenciado pela FAEPA. Inicialmente, a FAEPA assumiu a gestão dos leitos de campanha instalados no prédio da Unidade Clínicas, dando continuidade às atividades ali existentes.

Com o compromisso de atender às demandas assistenciais previstas no Contrato de Gestão, foram tomadas providências para viabilizar o funcionamento do HC Bauru como Hospital Geral. Após a superação de diversos trâmites, foi emitida, em 2/9/2022, a autorização de funcionamento como Hospital Geral para o Hospital das Clínicas de Bauru, o que permitiu a ampliação da oferta de atendimento à população, além dos casos de Covid-19.

Conforme transição prevista no Acordo de Cooperação Técnica entre a SES-SP e a USP, em fevereiro de 2023, outra etapa importante deste processo foi formalizada, com a publicação, no Diário Oficial do Estado, do Despacho do Reitor da USP com a relação dos 522 servidores do Centrinho que assinaram o Termo de Anuência e passaram a prestar serviços no HC Bauru, mantendo o vínculo empregatício com a Universidade de São Paulo. Assim, a partir de 1/2/2023, o Hospital das Clínicas de Bauru assumiu efetivamente as atribuições de assistência à saúde e custeio do HRAC-USP, preservando os profissionais, e mantendo e potencializando os atendimentos que já eram ofertados na instituição.

Em 1/8/2023, o HC Bauru completou um ano de atividades, contando com 76 leitos e 421 profissionais em diversas especialidades e linhas de cuidado à saúde na Unidade Clínicas – mais 45 leitos na Unidade Centrinho e 513 profissionais da USP -, além de servir de campo para estudantes de Medicina, Odontologia e Fonoaudiologia da Universidade de São Paulo, mestrandos, doutorandos, residentes e especializandos das diversas áreas da saúde.

Com a Colação de Grau da primeira turma de Medicina da USP Bauru, em 10/11/2023, no mesmo mês de novembro, o Hospital das Clínicas de Bauru recebeu a instalação da placa de formatura – como é tradição nas Faculdades de Medicina da USP – e também o plantio da árvore da Turma 1.